大赵王朝元武十二年，魔教再度肆虐惑乱众生，镇魔司统领张谦死谏面圣，遂命镇魔司前往清剿。张谦得知国师妖言惑众，魔教阴谋滋生。张谦命萧震率部前往魔教，破除阴谋，揭露国师谎言，挽回皇帝信任，重整朝纲。五年后，仙师降灵和顾念彤沆瀣一气制造玉虚山一役，皇帝震怒，传镇魔司总领张谦铲除之。张谦向萧震下达召回密令，同时，镇魔司“隐监”统领唐凌风也接到命令上山刺杀降灵。经历系列生死磨难后，两人合力击杀掉仙师降灵。

叙述的是明万历四十三年凉秋，云贵总督卓仲廉卸任归故乡陕北，途经川陕边境时被劫富济贫的绿林女大盗“玉罗刹”练霓裳劫去大部分财产。随行护送的武当弟子耿绍南，因傲慢不逊被削去左手二指，以示惩戒，练霓裳自此与武当派结怨。百姓反抗政府，下属背叛上级，奸佞出卖国家，反抗与自由的精神交织在一起，就是那个时代的精神。

武当掌门张三丰（洪金宝）为存弟子一点血脉，用毕生功力替无忌将寒毒驱除，结果惹来接班人宋青书妒忌，并联同峨眉女弟子周芷若（黎姿）对付无忌。直到明教圣女小昭（邱淑贞）的出现，张无忌终于摆脱自己的命运，先在断崖遇上高人授予“九阳神功”，随后在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。六大派为了歼灭明教，围攻光明顶，无忌得悉蒙古郡主赵敏（张敏）合谋各派以残杀明教之奸计，遂立即前往光明顶，奋不顾身拯救明教。论功行赏，无忌暂代明教教主一职。在迎接四大法王之一的金毛狮王（徐锦江）出任教主途中，无忌遇上另一次考验，同时更发现了武林

影片以一段尘封的魔教教主炼尸往事拉开序幕，竹马恋人再度相遇不料已侠魔相隔。此时，女魔头为非作歹，蛊惑人间，正义联盟乘势集结，逆势改命。侠魔大战阴阳对决，逼真特效万剑齐发，炼尸过程震撼观众，离奇故事曲折动人，忘川之情感怀至深，致胜时刻鹿死谁手！