继上一次的怪兽高燃对战之后金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘同时上古之战的面纱也将会被揭晓而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物并深刻影响

影片中，这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。